Der Luchs ist einer Vielzahl von Gefahren ausgesetzt. Häufig begegnet er ihnen während seiner Suche nach neuen Lebensräumen, jedoch muss er sich auch innerhalb seines Reviers damit auseinandersetzen.

Die Zerschneidung der Lebensräume ist eine sehr schwerwiegende Bedrohung, nicht nur für den Luchs. Durch Straßen, ausgeräumte Landschaften, Agrarflächen und Siedlungsstrukturen entstehen Habitat-Inseln, die nicht mehr erschlossen werden können. Dadurch drohen Inzucht und eine genetische Verarmung der Populationen. Das Straßennetz birgt noch eine weitere Gefahr, denn wandernde Arten wie das scheue Pinselohr scheitern häufig bei der Überquerung von viel befahrenen Straßen, da es kaum Grünbrücken gibt, die eine sichere Querung gewährleisten können.

Obwohl der Luchs eine streng geschützte Art ist und einer ganzjährigen Schonzeit untersteht, stellen illegale Tötungen nach wie vor eine enorme Gefahr dar. In Deutschland wurden zwischen 2000 und 2018 nachweislich sieben Luchse getötet, wovon fünf erschossen, einer vergiftet und ein weiterer stranguliert wurden. Die Dunkelziffer liegt aber wahrscheinlich weitaus höher, da die meisten Taten unbehelligt im Wald geschehen und die toten Tiere nie gefunden werden.

Auch die vom Fuchs übertragene Räude birgt eine große Gefahr für die Luchse, denn die Hautkrankheit ist neben den Straßen die häufigste Todesursache der Luchse im Harz. Bei Räude handelt es sich um Milben, die sich unter die Haut bohren. Beim Schlüpfen der Larven entsteht ein so starker Juckreiz, dass die Tiere sich offene Wunden kratzen und innerhalb weniger Monate daran verenden.